Ursprünglich befand sich das Michaelis Kloster wie die Burg des Landesherrn auf dem nahe gelegenen Kalkberg, der damals viel höher und größer war als heute.
Um 956 setzte König Otto I. seinen treuen Gefolgsmann Hermann Billung als Markgrafen in Sachsen und Lüneburg ein. Hermann bestimmte daraufhin Lüneburg zum Zentrum seiner Herrschaft und stiftete das Kloster St. Michaelis auf dem Kalkberg. Die neue Stiftung wurde das Hauskloster und somit die Grablege des nach Hermann benannten Geschlechts der Billunger.
Auf seine Fürsprache hin bestimmte König Otto I. im Jahre 956, dass die Zolleinnahmen zu Lüneburg aus den Verkäufen der Saline dem Michaelis Kloster übertragen wurden. Die Urkunde darüber ist nicht nur die erste Erwähnung des Michaelis Klosters, sondern auch der späteren Stadt Lüneburg und der Saline.
Als Hauskloster wurde es schon früh von Seiten des Königs und der Familie der Billunger mit bedeutendem Grundbesitz ausgestattet und blieb die reichste und angesehenste Ordensniederlassung im nordwestlichen Niedersachsen. Das Kloster hatte stets eine besondere Beziehung zur örtlichen Herrscherfamilie. Daran änderte sich auch nichts, als die Nachfolger und Erben der Billunger, zunächst Lothar von Süpplingenburg und danach die Welfen, das Lüneburger Land regierten.
Einen Einschnitt in der Geschichte des Klosters bedeuteten die politischen Geschehnisse des Jahres 1371.
Lüneburg war aufgrund der Förderung und der Vermarktung des Salzes reich geworden. Mit dem Wohlstand stieg auch das Selbstbewusstsein der Ratsherren und so strebten sie – um einen noch größeren Anteil am Salzhandel für sich behalten zu können – nach mehr Unabhängigkeit vom Herzog.
Nachdem der Welfe Wilhelm II. 1369 ohne männliche Thronfolger gestorben war, entbrannte ein Erbfolgekrieg. Entsprechend den welfischen Hausgesetzen wäre der Braunschweiger Herzog Magnus II. erbberechtigt gewesen. Kaiser Karl IV. jedoch betrachtete das Reichslehen Lüneburg als an das Reich zurückgefallen und wollte es den Herzögen von Sachsen-Wittenberg übergeben.
Die Stadt Lüneburg nutzte diese Gelegenheit und unterstützte die Wittenberger. Damit wollte sich die Stadt dem unmittelbaren Zugriff des Herzogs von Braunschweig entziehen. Am 1. Februar 1371 zogen die Lüneburger gegen die Burg, nahmen sie ein und begannen sofort, sie zu zerstören.
Noch im selben Jahr, am 21. Oktober, dem Tag der Heiligen Ursula, versuchte Herzog Magnus II. mit einem 700 Mann starken Heer vergeblich Lüneburg militärisch niederzuwerfen. Dieser Tag ging in die Stadtgeschichte als „Ursulatag" ein. Es gab Tote auf beiden Seiten.
Ob allerdings ein Bäcker tatsächlich 22 Mann mit einem Streich niederstreckt hat, wie eine Erzählung sagt, sei dahingestellt. Auf jeden Fall ist seine Skulptur in einer Giebelnische des Hauses Nr. 2-4 in der Großen Bäckerstraße zu sehen.
Erst der Frieden von Hannover beendete im Jahr 1373 vorerst den Krieg.
Aus diesem Frieden ergaben sich Konsequenzen für das Michaelis Kloster. Zwar wurde seine Existenz nicht infrage gestellt, aber es sollte aufgrund seiner Beziehungen zum Herrscherhaus nicht an alter Stelle bleiben. Man wies dem Konvent zum Neubau einer Klosteranlage ein Gelände unterhalb des Kalkbergs zu. Hier wurde 1376 der Grundstein für die neue Klosteranlage gelegt.
Das Michaelis Kloster war und blieb eng mit der politischen Entwicklung des Landes und auch der Stadt verbunden; insbesondere, weil in den folgenden Jahren überwiegend Angehörige des Lüneburger Adels in den Konvent eintraten.