Aufgrund der Hanglage des Geländes, das der Orden 1376 für den Neubau des Klosters und der Kirche von der Stadt zugewiesen bekam, waren Substruktionsbauten notwendig, um die Kirche an diesem Hang bauen zu können.
Anstelle einer Grablege wurde hier eine Krypta oder auch Unterkirche geschaffen, die 1379 geweiht wurde.
Seinen besonderen Reiz gewinnt der Raum durch die schirmartigen Kreuzrippengewölbe, die auf schlanken Pfeiler ruhen, die aus wechselnd glasierten und unglasierten Formsteinen aufgebaut sind. Die beiden großen Treppen, die in den Raum führen, ermöglichten Prozessionen, die in vorreformatorischer Zeit zelebriert wurden.
Nachdem mit der Reformation der Gottesdienst in der Krypta eingestellt worden war, wurde sie als Abstellkammer genutzt und verfiel, so dass 1894-1898 eine grundlegende Instandsetzung nötig wurde. Während die Gewölbe erhalten werden konnten, mussten die Pfeiler vollständig ausgetauscht werden. Der Raum ist im neogotischen Stil hergerichtet. Dazu tragen das 1897 im Chorschluss eingesetzte Auferstehungsfenster sowie das Gestühl und die Lampen aus dem 19. Jahrhundert bei.
Die erste Orgel der Unterkirche aus dem Jahr 1899 wurde 1942 durch die aktuelle Orgel in der Unterkirche der Firma Emil Hammer ersetzt. Die Besonderheit dieser Orgel besteht nicht nur darin, dass sie mitten im Krieg gebaut wurde, sondern auch darin, dass sie zu den ersten Orgeln gehört, die wieder mit mechanischer Traktur angelegt wurden. Trakturen übertragen die Tastenbewegungen auf die Tonventile der Pfeifen sowie der Registerzüge auf die Registerventile. Pneumatische Orgel tun diese mittels Luftdruckimpulsen. Bei mechanischen Trakturen so wie bei dieser Orgel erfolgt die Bewegungsübertragung mittels der physikalischen Hebelgesetze über Zugstangen zwischen Tasten, Registern und ihren Ventilen.
Der Altar war in vorreformatorischer Zeit der Marienaltar. Links und rechts in den Nischen standen der Altar St. Nicolai und St. Ursula.
Rechts vom Altar ist ein wappengeschmücktes Bruchstück der Portalbekrönung und das einziges Überbleibsel des großen 1580–1583 errichteten KlosterKornhauses aufgestellt.
Besondere Aufmerksamkeit verlangen die Schlusssteine im Gewölbe. Sie zeigen marianische und christologische Symbole. Auf der Abbildung auf dem Tisch vor den Bänken können Sie die Symbole genauer betrachten. Wenn Sie mehr über ihre Bedeutung wissen möchten, können Sie am Verkaufstisch in der Oberkirche ein Heft über die Schlusssteine erwerben.
Links und rechts schließen sich an diesen Raum die Seitenkrypten an. Über die Nordkrypta gelangte man früher in die Kellerräume des Klosters. Heute ist der Raum der Öffentlichkeit nicht zugänglich. Über die Südkrypta gelangt man nach draußen. Wenn die Gemeinde im Winter, von Januar bis kurz vor Ostern ihre Gottesdienste in der Unterkirche feiert, ist dies der offizielle Zugang. In der Südwand ist noch eine große Holztür zu sehen. Hier führte ursprünglich eine Treppe in die Sakristei.
Wenn Sie aus der Unterkirche wieder in die Hauptkirche emporgestiegen sind, wenden Sie sich bitte nach rechts und begeben sich – an den Stufen zum Hochchor vorbei – in das nördliche Seitenschiff.